در نجف مشغول تحصیل و تهذیب نفس بود و به کار خودش مشغول بود. اما گروهی که مخالف عرفان بودند، نامهای به پدرش نوشتند که چه نشستهای که امکان دارد پسرت از درس و بحث خارج بشود و از بد گویی درباره او چیزی کم نگذاشتند.
پدر هم، نگران پسر در نامهای به او نوشت که من راضی نیستم جز واجبات عمل دیگری انجام بدهی؛ حتی راضی نیستم نماز شب بخوانی.
وقتی نامهی پدر به دستش رسید خدمت آقای قاضی رفت و نامه را به ایشان نشان داد. آقای قاضی گفتند: شما مقلد چه کسی هستید؟ باید از مرجع تقلیدتان این سوال را بپرسید. ایشان هم خدمت آقای سید ابوالحسن اصفهانی رسید تا در این باره کسب تکلیف کند. این مرجع تقلید هم جواب دادند: باید حرف پدرت را اطاعت کنی.
پس آن هم به اطاعت از پدر سکوت کرد و چیزی نگفت. خیلی کم در کوچه و خیابان رفتآمد میکرد و همه این کارها برای این بود که از دستور پدر اطاعت کند. همین منش و رفتار از او آیت الله بهجت ساخت. مرجع تقلید بزرگی که به جایگاهی رسید که همه جا و همه کس از کراماتش صحبت کنند.
آیت الله خامنهای رهبر انقلاب اسلامی بعد از فوت ایشان فرمودند: «برای این جانب و همه ارادتمندان آن مرد بزرگ این مصیبتی سنگین و ضایعه جبران ناپذیر است».