پیکر مرحوم آیتالله محفوظی ساعت ۱۰ صبح روز پنجشنبه ۲۲ شهریور ۱۴۰۳ از مسجد امام حسن عسکری علیهالسلام تا حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه سلاماللهعلیها تشییع و پس از اقامۀ نماز توسط حضرت آیتالله سبحانی دامظلهالعالی، در جوار کریمۀ اهلبیت به خاک سپرده شد.
مراسم بزرگداشت و ختم آیتالله محفوظی رحمةاللهعلیه، با حضور مراجع، علما و اقشار گوناگون مردم، پنجشنبه شب در مسجد اعظم قم برگزار شد.