گویا خانقاه متصوّفه تا زمان مجلسی ثانی رحمهالله در ایران خیلی زیاد بوده است. حتی به مجلسی اول رحمهالله هم نسبت میدهند که از متصوّفه است؛ ولی مرحوم مجلسی ثانی از او دفاع میکند و میگوید: «لا تَظُنّ بِوالِدی؛ إِنّهُ کانَ کثیرَ الأُنْسِ بِرِوایاتِ أَهْلِالْبَیتِ ـ علیهمالسلام ـ أَوْ أَکثَرَ أَهْلِ عَصْرِهِ أُنْساً بِروایاتِهِمْ ـ علیهمالسلام ـ ...؛ به پدرم گمان بد مبر؛ چراکه او با روایات اهلبیت علیهمالسلام بسیار انس داشت، و یا از همۀ معاصرین خود بیشتر اُنس داشت».
ایشان یک دستورالعملی دارد که در کتابهایش ذکر شده است. صفویه، اول در قزوین بودهاند، تا اینکه شاهطهماسب به علت وبا و طاعون (که با آمدنش رفع شد)، به طرف اصفهان رفت و آنجا را پایتخت خود قرار داد.