زمانی مرحوم سید محمدکاظم یزدی از نجف اشرف به سامرا برای میرزای شیرازی رحمهاللّه نامهای فرستاد و روی پاکت عنوان «رکنالاسلام» را برای ایشان نوشت. ولی میرزا رحمهاللّه در جواب برای او عنوان «حجتالاسلام» را که بالاترین عنوان و رتبه علمی بود، نوشت.
شیخ یونس رحمهاللّه از شاگردان میرزا به ایشان اعتراض کرد و گفت: ایشان برای شما «رکنالاسلام» نوشت، و شما «حجتالاسلام» مینویسید؟! فرمود: ایشان مرا مجتهد نمیداند؛ لذا رکن الاسلام نوشته است، ولی من او را مجتهد میدانم و برای او حجتالاسلام مینویسم. و این در حالی بود که میرزا از همه عالمان اهل عصر، بلکه غیر از معاصران خود دقیقتر بود، و در آن زمان علمای سامرا١ به [علمای] نجفیها میگفتند: «شما چاه میکنید و ما نهر». گفتهاند: مرحوم میرزا سه ماه در مبحث «استصحاب کلی» بحث کرد.