حضرت استاد در مقاطع گوناگون، در پایان سال تحصیلی، تعطیلی دروس حوزه به مناسبت فرارسیدن ماه مبارک رمضان، یا ماه محرم، دعاهایی را انشا فرموده و درس را با آن به پایان میرساندند. برخی از این دعاها عبارتاند از:
۱. «أَللهُم، وَفّقْنا لِلْعِلمِ النّافِعِ وَ الْعَمَلِ الصّالِحِ و الإِلْتِزامِ بِطَریقَتِهِمْ؛ خداوندا! ما را به علم سودمند و عمل صالح و التزام به روش محمد و آلمحمد علیهمالسلام موفق گردان».
۲. «أَللهُم انْفَعنا بِالْعِلْمِ النافِعِ وَ العَمَلِ الصّالِحِ، وَ وَفّقنا لِلْعَمَلِ الصّالِحِ، وَ اجْعَلْ حَشْرَنا وَ نَشْرَنا فِی الدّنْیا وَ الآخِرَةِ مَعَ مُحَمدٍ وَ آلِهِ الطاهِرینَ، وَ اجْعَلنا مِنَ العارِفینَ بِحَقِّهِمْ وَ المُلْتَزِمینَ بِوِلایتِهِمْ وَ الْمُتَمَسّکینَ بِحُبّهِمْ وَ طَریقَتِهِمْ. آمینَ رَب العالَمینَ؛ خداوندا، ما را از علم نافع و عمل صالح بهرهمند ساز، و به عمل صالح موفق بدار، و در دنیا و آخرت با حضرت محمد و خاندان پاک او محشور گردان، و از کسانی که به حق آنان عارفند، و ملتزم به ولایتشان هستند، و به دوستی و طریقهی آنان چنگ زدهاند، بگردان. مستجاب گردان ای پروردگار عالمیان!».
۳. دعای ختم دروس قبل از ماه صیام سال ۱۴۰۷ ه.ق. حضرت استاد اینگونه بود: «وَ الْحَمْدُ لِلهِ وَ صَلی اللهُ عَلی محمد وَ آلِهِ. أَللهُم وَفقْنا لِلْعِلْمِ النافِعِ وَ الْعَمَلِ الصالِحِ. أَللهُم اجْعَلْنا مَعَ محمد وَ آلِهِ فِی الدنیا وَ الآخِرَةِ».
۴. دعای ختم جلسهی درس حضرت استاد در پایان سال تحصیلی ۱۴۰۸ ه.ق. به این صورت بود: «وَفقَنَا اللهُ لِلْعِلْمِ النافِعِ وَ الْعَمَلِ الصالِحِ، وَ الْمُلازَمَةِ ظاهِرا وَ باطِنا مَعَ مُحَمدٍ وَ آلِهِ فِی الدنْیا وَ الاْآخِرَةِ؛ خداوند، ما را به دانش سودمند و عمل صالح و ملازمت ظاهری و باطنی با محمد و آلمحمد علیهمالسلام در دنیا و آخرت، توفیق دهد».