آیتالله بهجت قدسسره همواره خطرات دوره آخرالزمان را گوشزد میکردند و میفرمودند: «مهمتر از دعا برای تعجیل فرج حضرت مهدی عجلاللهتعالیفرجهالشریف دعا برای بقای ایمان و ثبات قدم در عقیده و عدم انکار آن حضرت تا ظهور او میباشد. اینکه در زمان غیبت به خواندن دعای «أَللهُم عَرّفْنی نَفْسَک...» سفارش شده است، ظاهراً سری دارد».
ایشان ساعتی از شب و ساعتی از روز را به مناجات با امام مهدی عجلاللهتعالیفرجهالشریف اختصاص میدادند.