زمانی که اتابک، صحن نو حضرت معصومه سلاماللهعلیها را ساخت، آقا نجفی رحمهالله را وادار کرد در آنجا نماز بخواند. و اولین جماعتی که در آن صحن برپا شد، نماز آقا نجفی بود، وگرنه شنیده شده که علمای قم بهجهت عدم تصرف در وقف و قبور، از صحن جدید عبور نمیکردند، ولی علمایی که از نجف به ایران تبعید شده بودند، مانند آقای نائینی رحمهالله در همین صحن نماز میخواندند، و شاید مرحوم سید ابوالحسن اصفهانی رحمهالله در مسجد امام نماز میخوانده است.