در طول تاریخ غیبت، شیعیان بهطور معمول راهی برای دستیابی به احکام الهی نداشتند. ارتباط عادی آنان با امامان معصومشان قطع شده بود. تنها راهی که آنان را به حقیقت دین رهنمون میکرد، کلماتی بود که از معصومین در سینه عالمان ذخیره یا در کتابها ثبت شده بود. بیشک از جمله مهمترین کتبی که ارکان تشیع را قوام بخشیده، کتاب «کافی» است. اثری گرانقیمت از عالمی گرانقدر؛ محمدبنیعقوببناسحاق کلینی. او در اوایل قرن سوم و در دوران امامت امام حسن عسکریعلیهالسلام در کلین، قریهای در نزدیکی شهرری، چشم به جهان گشود. کودکی خود را زیر نظر پدر بزرگوارش، یعقوببناسحاق، که مردی بافضیلت بود، گذراند. دایی شیخ کلینی، «علّان» نیز از محدثان و شیفتگان خاندان اهلبیتعلیهمالسلام بود و در سفر حج به شهادت رسید. او در تربیت محمدبنیعقوب نقش بسزایی داشت.
چنان در میان مسلمانان مشهور شده بود که فرق گوناگون اسلامی به او اعتماد داشتند و از او فتوا میگرفتند و مشکلات دینی خود را به دست او حل میکردند. به همین سبب، به «ثقةالاسلام» شهرت یافت. او اولین کسی بود که در دوره اسلامی بدین لقب خوانده شد. عالم سنی، ابناثیر، درباره او میگوید: «پیامبرصلیاللهعلیهوآله فرمود: خداوند در آغاز هر سده، شخصی را برمیانگیزد که دین او را زنده و نامدار نگه دارد». سپس میگوید: «احیاکننده مذهب شیعه در آغاز سده نخست هجری، محمدبنعلی الباقرعلیهالسلام بود و در سرآغاز سده دوم، علیبنموسی الرضاعلیهالسلام و در ابتدای قرن سوم، ابوجعفر، محمدبنیعقوب کلینی رازی».
در آن زمان، ری قلب ایران و جایگاه برخورد آرا و نظریات فرقههای مختلف شیعی و سنی بود؛ ازاینرو شیخ نیز برای تکمیل معلومات، به این شهر سفر کرد. شیخ در میان هیاهوی فرقههای گوناگون، علوم ناب اهلبیتعلیهمالسلام را آموخت. او بهخوبی دریافته بود که با ادامه این راه، به سرمنزل مقصود خواهد رسید. او در ری، محضر اساتید بزرگی همچون محمدبناسد کوفی را درک کرد و به ضبط و فراگیری احادیث از ایشان مشغول شد.
در نقلهای تاریخی گزارشی نیست که نشاندهنده حضور شیخ در محضر امامان همعصر خود باشد، اما سفرهای وی به قم و دیگر شهرها، از جمله کوفه و بغداد و ملاقات او با محدثان بزرگ و نامی آن دیار ثبت شده است. شیخ کلینی در نزد محدثان مینشست و احادیث ایشان را فرا میگرفت و ضبط میکرد؛ محدثان بزرگی که فضل هر یک برای اثبات حقانیت مذهب شیعه کافی بود. کسانی چون احمدبنادریس قمی و عبداللهبنجعفر حمیری که از صحابی امام حسن عسکریعلیهالسلام بهشمار میرفتند.
چنان در میان مسلمانان مشهور شده بود که فرق گوناگون اسلامی به او اعتماد داشتند و از او فتوا میگرفتند و مشکلات دینی خود را به دست او حل میکردند. به همین سبب، به «ثقةالاسلام» شهرت یافت. او اولین کسی بود که در دوره اسلامی بدین لقب خوانده شد. عالم سنی، ابناثیر، درباره او میگوید: «پیامبرصلیاللهعلیهوآله فرمود: خداوند در آغاز هر سده، شخصی را برمیانگیزد که دین او را زنده و نامدار نگه دارد». سپس میگوید: «احیاکننده مذهب شیعه در آغاز سده نخست هجری، محمدبنعلی الباقرعلیهالسلام بود و در سرآغاز سده دوم، علیبنموسی الرضاعلیهالسلام و در ابتدای قرن سوم، ابوجعفر، محمدبنیعقوب کلینی رازی».
ثقةالاسلام کلینی برای مقابله با افکار مخالفین و گسترش عقاید شیعه، بیست سال تلاش کرد و کتاب «کافی» را تألیف نمود. این کتاب از مهمترین کتب اربعه شیعه است و در آن بالغ بر هفدههزار حدیث گردآوری شده است.
شیخ کلینی پس از سالها تلاش برای حفاظت از میراث اهلبیتعلیهمالسلام، در سال ۳۲۹ ه.ق. جهان فانی را وداع گفت و دانشمند بزرگ، «ابوقیراط»، بر پیکرش نماز خواند. شیخ را پس از تشییعی باشکوه، در بغداد دفن کردند.
او نهتنها حیاتی پرفضیلت داشت، بلکه پس از مرگ نیز فضائل او برای مردم ظاهر میشد. نقل میکنند که یکی از حکام بغداد ـکه دشمن شیعیان بودـ قصد داشت قبر مطهر موسیبنجعفرعلیهالسلام را خراب کند. او میگفت: «اگر عقاید آنها حق است، پس او الآن در قبر موجود است». به او گفتند: «در نظر آنها علمایشان نیز در قبر نمیپوسند». پس دستور داد قبر شیخ کلینی را بشکافند. وقتی این کار را کردند، با بدن سالم شیخ مواجه شدند؛ ازاینرو دست از عداوت برداشت و دستور داد قبه و بارگاهی برای «ثقةالإسلام» بسازند.